Hoạt động tích cực trong tổ chức kháng chiến của Ba Lan mang tên Liên minh Đấu tranh Vũ trang (Związek Walki Zbrojnej, sau này được đổi tên thành Armia Krajowa) kể từ khi Ba Lan thất bại năm 1939 vào đầu Thế chiến II, Cyrankiewicz bị Gestapo bắt vào mùa xuân năm 1941 và sau khi bị giam ở Montelupich, ông đã bị đưa đến trại tập trung Auschwitz. Ông đến trại Auschwitz vào ngày 4 tháng 9 năm 1942, và nhận số đăng ký 62.933.[9]

Ông cùng với các tù nhân Auschwitz khác cuối cùng được chuyển đến trại tập trung Mauthausen khi tiền tuyến của Liên Xô tiếp cận trại Auschwitz vào cuối cuộc chiến. Cuối cùng ông đã được giải phóng bởi Quân đội Hoa Kỳ.

Theo tuyên truyền thời hậu chiến của cộng sản, khi ở Auschwitz, Cyrankiewicz đã cố gắng tổ chức một phong trào kháng chiến của những người theo xã hội chủ nghĩa bị giam cầm khác và cũng tập hợp các nhóm tù nhân quốc tế khác nhau lại với nhau; những tuyên bố được sử dụng để xây dựng danh tiếng của ông ở Ba Lan thời hậu chiến đó bị các nhà sử học hiện đại coi là phóng đại.[10][11] Thay vào đó, các nhà sử học hiện đại cho rằng Cyrankiewicz không chỉ bác bỏ một cách đầy tranh cãi đơn kháng cáo bản án tử hình của Witold Pilecki, một chiến binh kháng chiến của Quân đội Nhà đã xâm nhập vào trại Auschwitz và được coi là tác giả chính của cuộc kháng chiến ở đó, mà còn đề nghị rằng Pilecki phải bị đối xử "nhẫn tâm như thể là kẻ thù của đất nước”.[11][12][13]